برای این شبیه سازی باید فایل مولکول رو داشته باشین
این فایل ها به صورت PDB هستند که ممکنه در سایت http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do موجود باشه
اما اگر نبود باید به نحوی مولکولتون رو شبیه سازی کنین و طول پیوند و مختصات بهینه شده مولکول رو داشته باشین که کار محاسبات کوانتومی هست و کار پیچیده ای...