سلام
اینکه تقسیم بندی ها تفاوت بکنه، مشکلی در پلات کردن روی همدیگه ایجاد نمیکنه.
مثلا اگه T1 و X1 جواب معادله اول و T2 و X2 جواب معادله دوم باشند:
a [T1, X1] = ode45(...) a
a [T2, X2] = ode45(...) a
اون موقع می تونید اونها رو روی هم رسم کنید
plot(T1, X1), hold on, plot(T2, X2)...