در درجه اول باید مشخص کنید کدام ترکیب یا کدام ساختار گیاه را می خواهید مورد مطالعه قرار دهید سپس میتوانید در درجه اول از میکروسکوپ نوری سپس میکروسکوپ های الکترونی نظیر میکروسکوپ الکترونی روبشی SEM و میکروسکوپ الکترونی عبوری TEM استفاده نماید و در صورت لزوم به سراغ روشهایی دیگر بروید.