پپتید

smn_mrkz

عضو جدید
کاربر ممتاز
پپتید ها :
پپتید ، رشته ای از آمینو اسید هاست که توسط پیوند پپتیدی به هم متصل شده اند. پلی پپتید ها به پپتید های طویلی گفته می شوند البته با در نظر گرفتن الیگوپپتید ها که پپتید های کوتاه هستند ( کمتر از 10 آمینو اسید ). پروتئین ها از یک یا چند پلی پپتید با بیشتر از 50 آمینو اسید ساخته شده اند.

ساختمان اولیه :


ساختمان اول پروتئین ها به توالی آمینو اسید ها بر می گردد. ( همان توالی آمینو اسید هاست ). آمینو اسید موجود در پپتید ها را رزدیو ( residue ) نیز می نامند.




شکل 2-B-1


توالی آمینو اسید ها ( ساختمان اولیه ) ریبونوکلئاز A یا RNase A . آنزیمی است که بر روی RNA فعالیت دارد. هر حرف یک آمینو اسد را نشان می دهد.

پیوند پپتیدی :


پیوند پپتیدی اتصالی میان دو آمینو اسید است که توسط واکنش تراکمی که در زیر نشان داده شده است ، شکل می گیرد :





شکل 2-B-2 : تشکیل پیوند پپتیدی توسط واکنش تراکمی




زاویه فای – سای :



به علت ساختار الکترونی خاص پیوند پپتیدی ، اتم های موجود بر رو انتها نمی توانند در اطراف پیوند بچرخند. بنابراین اتم های گروه ( O=C-N-H ) ) بر روی صفحه یکسانی که صفحه پپتیدی خوانده می شود ، ثابت می شوند Ca .اتم کربنی است که به گروه R متصل است.



شکل : 2-B-3صفحه پپتیدی ( ناحیه خاکستری ) و زاویه های f-Y را نشان می دهد. خطوط قرمز توسط تکرار -Ca-C-N-Ca تشکیل می شوند که اسکلت زنجیره پپتیدی می باشند.


مطابق با قوانین ریاضی ، فای (f) و سای (Y) زاویه های دوسطحی هستند ( همچنین زاویه پیچشی نیز خوانده می شوند ) که به عنوان زاویه میان نقطه ای مشخص ( برای مثال Ca ) در انتهای 4 نقطه متوالی و صفحه ای مشخص ( برای مثال صفحه پپتیدی ) که توسط 3 نقطه دیگر اشغال شده ، تعریف می شود. در پپتید زاویه فای – سای به مقدار مشخصی محدود شده است ( مقدار خاصی دارد ). نمودار پراکندگی آن ها را صفحه راماچاندران می نامند.
 
بالا